La prevenció és el primer esglaó de jerarquia d'opcions de gestió i el Pla Nacional  preveu dos tipus de mesures de prevenció: unes d'específiques per promoure-les i unes altres que, com a efecte col·lateral, tenen  conseqüències que afavoreixen la prevenció i,  per primera vegada, el Plan Nacional recull  el plans específics de prevenció de residus (Estratègia Temàtica de Prevenció i Reciclatge de Residus).

Plan Nacional i els residus municipals

El PNIR recull les prescripcions establertes en la nova Directiva marc de residus recentment aprovada, que com ja se sap afecta de forma rellevant a la planificació i a la gestió dels residus domiciliaris.

D’aquesta manera, el PNIR recull, entre altres, la nova jerarquia aplicable com principi rector en la legislació i la política sobre prevenció i gestió de residus; l'obligació que a l'any 2015 estigui establerta la recollida selectiva de paper, metall, plàstic i vidre i que a l'any 2020 la reutilització i reciclatge de residus materials (principalment, paper, metalls, plàstic i vidre) assoleixi  com a mínim el 50% global del seu pes. També adopta mesures per promoure la recollida selectiva de bioresidus pel seu compostatge i digestió, i per classificar les instal·lacions d'incineració de residus municipals com instal·lacions de valorització energètica o de eliminació, en funció de si superen els valors mínims d'eficiència energètica, calculats en funció de varis paràmetres (el PCI dels residus, l'energia anual produïda, l'energia consumida no procedents dels residus, etc..).